公元前6世纪，佛教产生于印度，东汉至东吴时期，由海路传入福建，南北朝时传入建宁。此后，佛教便在建宁境内传播，新建长吉寺、香林寺等，进行讲经传教活动。
唐武德三年（620），佛教传入将乐县，将乐万全始建证觉寺，比福州涌泉寺还早288年。
唐武德年间（618～626），有一云游僧人到清流曹溪（现称“灞涌岩”）结草为庵，潜心修行，随后圣僧定光到此重新扩建寺庙，定名为金莲寺。同时在民间广收弟子，发展信徒，使金莲寺的佛事日益繁荣，影响逐渐扩大。
唐永隆年间（680～681），泰宁县的佛教活动也广为盛行。僧徒常在各乡村寻觅佛事佳地，并先后建立感化寺、皈仁寺、善缘寺、罗汉寺等寺庙。
唐开元前后，明溪（时属宁化辖区）的佛教也得到迅速发展。唐开元九年（721），僧人道均、道行在枫溪瓦子坪（原为“瓦翠坪”）建造聚龙禅寺。该寺兴建后，不仅对明溪的佛教发展起到统领作用，而且波及闽西、闽西北，促进这些地方佛教活动的发展。他们的弟子先后到建宁、将乐、长汀、江西石城、广昌及广东等地传教。尤溪、沙县等地也有较多的佛教活动，并兴建一批寺庙，其中有招化寺、保安寺、龙泉寺等。这期间兴建的寺院有宁化4所，清流2所，泰宁12所，建宁10所，将乐3所，庵堂2所，尤溪4所，庵堂1所，沙县13所（含永安9所）。
唐会昌二年（842），唐武宗在全国推行排佛运动，直至会昌五年。佛教史上称之为“会昌法难”，创建于唐嗣圣年间的尤溪县开元寺被毁。但福建实施不严，这期间，仍继续兴建寺院，唐会昌年间，建宁县创建香山寺，会昌二年，尤溪县创建天王瑜伽院；会昌元年，永安创建招化寺、善集寺；会昌二年沙县创建延福寺、宁化县创建中兴禅院、玉池禅院（清作宝池寺）；泰宁县创建天王寺。
五代时期，统治者重视佛教，以北方为中心的佛教转变为以南方为中心，对佛教发展产生积极影响。宁化兴建寺院6所，清流2所，泰宁15所，将乐2所，尤溪6所，沙县8所（含永安5所），建宁为之最达43所。
宋徽宗继续推行排佛政策，改寺院为宫观，如宋政和八年（1118），将乐县大洞玉华院改称玉华大洞观，宋建炎三年（1129）复名为院。北宋兴建寺院极盛，宁化县兴建寺院9所、庵堂13所，清流县兴建寺院12所、庵堂8所，泰宁县兴建寺院12所、庵堂6所，建宁县兴建寺院7所、庵堂10所，将乐县兴建寺院27所、庵堂16所，尤溪县兴建寺院5所、庵堂13所，沙县兴建寺院2所、庵堂1所。寺院拥有寺田，宋王朝为解决财政问题，以各种名义向寺院征收赋税，导致一些寺院僧侣逃亡而成废寺，清流县灵山禅院，南宋绍兴年间（1131～1162）之前为神宗寺院，绍兴间改神为禅。
元朝统一中国后，对佛教采取扶持与利用政策，仍有兴建寺院。宁化县兴建庵堂2所，清流县兴建寺院6所，建宁县兴建寺院4所，泰宁县兴建寺院6所、庵堂34所，将乐县兴建寺院5所、庵堂9所，尤溪县兴建寺院1所、庵堂10所，沙县兴建寺院1所，还重建毁废的尤溪县2所寺院，同时在全国择定100所大寺举行看藏经活动，建宁后山万寿堂被列入百所大寺之列。大田佛教传入较晚，至明嘉靖年间（1522～1566），才在县城附近创建赤岩寺。明代，仅宁化、清流县分别兴建庵堂4所、2所。其时，清流籍僧人天恩法师，俗姓吴，27岁上宁德支提山，礼明香为师，剃染受具。常问义学于冬晖法师，得其传，又叩心印于一山大师，尽得其旨。禅教兼通，偏重于教。明万历三十一年（1603）构精舍于支提山金灯峰下，“四方争迎，开讲无虚日”，明崇祯七年（1634），榕城四众佥请于开元讲《法华》等经，皈衣坐下，恒千余众。
清代，仅清流兴建7所庵堂，而位于日本长崎圣寿山的崇福寺，为在长崎的福州籍侨领、海商船主林楚玉、王引等发起于明崇祯二年（1629）创建，延请当时东渡的福州崇福寺僧人超然为开山，至第十一代住持均从国内延请闽僧担任。清康熙六十一年（1722），尤溪人伯玽浩赴该寺担任住持，赴日传法，是三明境内第一位赴日传教的僧人。
佛教传入主要有几个途径：由中原南下，经过漫长的历程，经江西广昌、南丰、石城等传入建宁、泰宁等地；从岭南经广东到汀州，而后传入宁化、清流、明溪各地；从武夷山脉经邵武传入将乐、建宁、泰宁等地；还有一些是由外来僧人云游至此，隐居修炼而传播发展。也有一些是因为寺庙分裂、佛教派系斗争、师徒传承等因素造成。
民国时期，三明境内的佛教发展呈两种趋势，一种是维持前期所有的佛事活动，并有所发展；另一种则是寺庙破落、佛事活动萧条，不少僧徒转向佛事繁荣的寺庙。如明溪、沙县、建宁等县此时兴起重佛热潮；20世纪20～30年代，明溪县的聚龙寺达到鼎盛时期，寺内僧侣多达180余人，曾三次为外地求戒教徒举行受戒仪式，而且每次都在400人以上。民国7年（1918）沙县共有寺、庙、庵、堂170余座。而尤溪由于受兵匪扰乱，全县仅存保安寺、皇会庙、石门庵、石笋、吉祥、灵源、阁亭、三峰、小陆、罗汉、永兴等15处。
20世纪40年代末，由于战争频仍，三明境内遗存的寺庙、庵堂大多毁于兵灾或自然倒塌荒废，佛事活动日益减少。民国38年，沙县仅存寺、庵10余座，僧尼20余人。
中华人民共和国成立后，贯彻宗教信仰自由政策，让僧尼成为自食其力的劳动者，有的县还成立各种佛教组织，民主管理寺庙事务，有些地方也发生“过激”的改造方法。
十年动乱期间，大搞“破四旧、立四新”、“横扫一切牛鬼蛇神”等，寺庙、佛像被捣毁，僧尼被驱逐，有的僧尼被游斗或戴上坏分子帽子，有的被强令还俗，如结婚、吃荤等。个别僧侣外流到附近较大的寺庙中，一些僧尼则转入“地下”宗教活动。
中共十一届三中全会后，落实宗教信仰自由政策，保护正常、健康的宗教活动，维护宗教信仰自由。20世纪90年代，各地寺庙大多得以修复，同时，也兴建一些新的寺庙。据不完全统计，至1992年全市共有寺、庙、庵、堂426座（其中开放寺庙17座），僧400多人，尼姑近500人，居士约1500人，信徒达4万多人，各县（市）均成立“佛教协会”。1994年，全市开展宗教活动场所登记发证工作。三明市第一批登记发证的宗教活动场所有133座（处）。其中佛教活动场所有106处，占全市第一批登记发证的宗教活动场所总数的9381%。1998年，全市经市宗教事务部门批准正式登记的宗教活动场所共有423处，其中佛教寺庙300处。至2005年，全市有僧侣达444人，尼姑463人，居士约2000人，信徒10万多人；经市宗教事务部门批准正式登记的佛教寺庙有585座（处）。