书院是封建社会特有的一种教育形式。唐宋时代，以私人创办为主；元代至明中叶，民官并举；明代中叶以后，则以官办为主。是以积聚大量图书，进行教学活动、学术研究相结合为特有形式的教育机构。

清代书院可分为四类：一是考课式书院，以习八股文，应科举为主；二是学习古文义法的书院；三是以考经史、整理古籍为主的书院；四是以经世致用为主的书院。随着西学渐进，西方文化大量涌入以及科学技术的发达，清光绪二十九年（1904）一月，全部书院改为新式学堂，从而结束了长达1300余年的封建科举制度。从宋至清末，全区有书院99所。

全区最早创办的书院为沙县的凤岗书院、了斋书院，建宁县的云谷书院，尤溪县的南溪书院和将乐县的龟山书院。凤岗书院创建于宋淳熙十年（1183），创办人黄灏，院址在沙县水南凤凰山下。了斋书院宋嘉定二年（1209），以陈瓘故居改建而成，曾屡毁屡建，几经修葺，后又名谏议书院。建宁县最早的书院为南宋吏部侍郎俞丰在南宋乾道二年（1166）告老还乡后所建的云谷书院，院址在城南桃峰之麓。将乐县最早的书院为龟山书院，在将乐县北郊封山之麓，宋咸淳三年（1263）为纪念杨时，礼部尚书冯梦德请度宗皇帝御赐“龟山书院”四字。该书院闻名遐迩，四方之士，望门而趋。

明代著名书院，在沙县城关有豫章书院以及由夏茂四贤祠社学改办的道南书院；永安有贡川栟榈岩下的栟榈书院，此处原为宋左正言邓肃幼年读书处，明嘉靖三十年（1551）永安知县郭仁创建。

清代著名书院有尤溪县宣化坊的开山书院、宁化县禾口的道南书院。

清雍正七年（1729），各县陆续设立正音书院。设立此类书院旨在学习官话，厘正方语口音，纠正当时各地学校以方言教学的通病。

清光绪二十九年（1904）一月，清廷采纳张之洞、刘坤一的建议，下诏“废科举、兴学堂”。之后，各省书院于省城内均改为大学堂，各府厅及直隶州改为中学堂，各州、县改为小学堂。

据统计，三明市历代所办书院达99所，以永安县办的最多，达22所。